En pénétrant dans la crypte carolingienne, c’est le passé qui se présente vivant à vous. Le chant des moines vous rappelle qu’ici, pendant 1000 ans, ce fut un lieu de prières perpétuelles. Découvrir la Chapelle Sainte-Reine ou la Chapelle Notre-Dame des Piliers permet de comprendre l’histoire de l’abbaye telle qu’elle a commencé en 719, pendant la période mérovingienne. Vestige de l’ancienne église abbatiale et véritable témoignage de l’époque médiévale, arts gallo-romain, roman et gothique se dévoilent dans un mouchoir de poche.
Les reliques de sainte Reine y furent transportées depuis la basilique d'Alise en 866, et y restèrent jusqu'à la Révolution.